Powstanie Instytutu Historii wiąże się z datą 15 lipca 1968 r. i powołaniem Filii Uniwersytetu Warszawskiego w Białymstoku. Wówczas na Wydziale Humanistycznym rozpoczął pracę Zakład Historii, którego pierwszym kierownikiem był prof. Andrzej Wyrobisz. Od 1975 r. Zakładem kierowała prof. Elżbieta Kaczyńska.

Pod koniec lat siedemdziesiątych przystąpiono do organizowania Instytutu Historii. 1 lutego 1980 r. Zakład przekształcono w Instytut Historii, a jego dyrektorem został prof. A. Wyrobisz.

W 1997 r., wraz z powołaniem Uniwersytetu w Białymstoku, Instytut wszedł w skład Wydziału Historyczno-Socjologicznego.

27 października 2010 roku – zmiana nazwy z Instytutu Historii na Instytut Historii i Nauk Politycznych.

1 października 2019 r., wraz z nowym statutem UwB, został powołany Wydział Historii i Stosunków Międzynarodowych, który prowadzi następujące kierunki: historię, stosunki międzynarodowe i studia wschodnie.